支払手数料は業務を委託する際に支払われる手数料の総称。手数料と報酬の支払いを処理する費用勘定を指す。また、名称を｢管理諸費｣としているところもある。
一般的なものとしては、銀行等の金融機関の振込手数料、情報提供等の対価として支払った情報提供料、不動産業者に支払う礼金等の仲介・斡旋手数料、インターネットのクラウドサービス利用料、ロイヤリティー等がある。
住民票や登記事項証明書といった各種証明書発行手数料は、租税公課のほか支払手数料で処理してもよい。
また、会計士、弁護士、税理士、司法書士、社会保険労務士等の第三者に業務を委託した際に支払う報酬も、支払手数料に含まれる。この際、第三者が個人であれば源泉徴収の対象となる。源泉徴収した源泉所得税は、預り金で処理し納税しなければならない。そのため、源泉所得税を取る支払いを支払手数料と区別して、支払報酬、顧問料といった勘定科目で処理する場合もある。
支払手数料は、原則として消費税の課税対象となるが、海外送金手数料や国外への委託の費用、クレジットカード決済手数料、各種証明書発行手数料などは課税されない。